2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲームペルソナ3をアニメーション映画化したPERSONA3 THE MOVIEの第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物シャドウとの戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、影時間を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は銀河機攻隊マジェスティックプリンスデート・ア・ライブなどを手がけてきた元永慶太郎。