隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，影时间。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物Shadow便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用Persona这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入特別课外活动部。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。剧场版第二章Midsummer Knights Dream登场。