数年前，人类以超级战舰轰天号，在南极击溃哥吉拉，并且将哥吉拉封印在地底下。但是地球除了哥吉拉以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了地球防卫部，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员，就是当年封印哥吉拉的轰天号以及其舰长道格拉斯·戈登上校。此外，为了应付怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类，这些超人类拥有普通人类所没有的M染色体，让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是尾崎真一少尉。就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，而且怪物拥有机械跟生物的本质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛小美人的警告，这个怪物是当年被魔斯拉给封印的盖刚，盖刚的出现代表着人类...